Die Nikodemuskirche gehört zur Christuskirchengemeinde. Dem Pfarramt der Nikodemuskirche ist der Stadtteil Hinterweil zugeordnet. Sie ist Teil des Ökumenischen Gemeindezentrums am Nikolaus-Lenau-Platz, das 1993 eingeweiht wurde.

Das Pfarramt Nikodemuskirche ist zuständig für die seelsorgerliche Betreuung des Hauses Eichholzgärten in der Oberen Vorstadt und für das Haus Augustinus in der Warmbronner Straße.